A Companhia Ferroviária do Nordeste obteve a concessão da Malha Nordeste, pertencente à Rede Ferroviária Federal S.A., no leilão realizado em 18/07/97. A outorga dessa concessão foi efetivada pelo Decreto Presidencial de 30/12/97, publicado no Diário Oficial da União de 31/12/97.

A empresa iniciou a operação dos serviços públicos de transporte ferroviário de cargas em 01/01/98. A visão da CFN é se tornar líder em logística no Nordeste a partir de 2010, colocando em operação, em 2008, a ferrovia Nova Transnordestina, que ligará o cerrado do Nordeste aos portos de Suape (PE) e Pecém (CE) com bitola larga, tendo como principais cargas grãos, fertilizantes e minérios. A CFN tem como missão promover o desenvolvimento regional, oferecendo soluções logísticas integradas.

A CFN abrange sete estados do Nordeste, mas sua ação não se limita a estes estados. Com o serviço porta-a-porta e a parceria com transportadores rodoviários atuam também no Pará, Bahia, Sergipe e Tocantins. E, em alguns casos, São Paulo, Paraná, Goiás e Minas Gerais. A isso chama-se de transporte intermodal.

A ferrovia opera hoje 4.238 quilômetros de ferrovia em bitola métrica, sendo que 17,5 quilômetros, dentro do porto de Itaqui (MA), são em bitola mista para permitir o acesso dos trens da Estrada de Ferro Carajás que operam em bitola larga (1,60m). 

A CFN tem constantemente buscado investir em recursos tecnológicos, com o intuito do pleno e eficaz atendimento:

- Coloca à disposição dos seus clientes o Locarga®, sistema de localização de cargas, que tem a mais moderna tecnologia de monitoramento de mercadorias em trânsito.

- Investiu durante dois anos na implementação de uma ferramenta que atua como suporte à decisão para o despacho de trens e para a operação ferroviária. O sistema Trains® elabora planejamentos otimizados em tempo real, realiza previsões e simulações na malha, considerando diversas restrições e particularidades, além de possibilitar a padronização operacional.

- Adquiriu o software Engeman® para controle da manutenção de locomotivas, vagões, máquinas operatrizes, veículos e máquinas de grande porte. A expectativa é abranger as unidades dos sete estados em que atua assim como suas quatro oficinas e seis postos de atendimento.